Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos

El acceso a datos y modelos es esencial para la investigación científica en la actualidad, especialmente en el campo de la bioinformática. Sin embargo, los datos biológicos pueden ser complejos, difíciles de manejar y pueden estar disponibles en formatos muy diversos, lo que puede impedir el acceso...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Casaña Carabot, Adolfo
Tipo de recurso: tesis de maestría
Fecha de publicación:2023
País:España
Institución:Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
Repositorio:O2, repositorio institucional de la UOC
OAI Identifier:oai:openaccess.uoc.edu:10609/148287
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10609/148287
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:RStudio
bioinformatics
TCGA
database
development
package
Bioinformatics -- TFM
Bioinformàtica -- TFM
id ES_bfcf7a3f2f53b70411b6dfb1ba7ab088
oai_identifier_str oai:openaccess.uoc.edu:10609/148287
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datosCasaña Carabot, AdolfoRStudiobioinformaticsTCGAdatabasedevelopmentpackageBioinformatics -- TFMBioinformàtica -- TFMEl acceso a datos y modelos es esencial para la investigación científica en la actualidad, especialmente en el campo de la bioinformática. Sin embargo, los datos biológicos pueden ser complejos, difíciles de manejar y pueden estar disponibles en formatos muy diversos, lo que puede impedir el acceso a ellos y limitar la capacidad de los investigadores para interpretarlos y obtener nuevos conocimientos. El objetivo inicial de este trabajo era el desarrollo de un módulo para el lenguaje de programación R que permitiese la interacción con la base de datos del GDC a través de las APIS publicadas por esta. A raíz de las investigaciones iniciales, se descubrió que ya existía un componente que proporcionaba la interacción que se estaba desarrollando, por lo que se reorientaron los objetivos del mismo a la investigación y documentación de la estructura de dicha base de datos, del componente existente y a la creación de un tutorial de uso del mismo. En el presente trabajo proporciona un resumen de la estructura de datos de la base de datos del GDC y se complementa con un tutorial interactivo desarrollado sobre R y Shiny que tiene como objetivo dotar a los usuarios de los conocimientos necesarios para poder utilizar el módulo GenomicDataCommons en sus futuras investigaciones. La herramienta se centra en las funciones más importantes de la librería y está complementada con ejemplos prácticos y un Dashboard que permite tener una primera impresión de los datos almacenados en la base de datos.Access to data and models is essential for scientific research today, especially in the field of bioinformatics. However, biological data can be complex, unwieldy, and available in many different formats, which can prevent access to it and limit researchers' ability to interpret it and get new insights. The initial objective of this work was the development of a module for the R programming language that would allow interaction with the GDC database through the APIs published by it. As a result of the initial investigations, it was discovered that there was already a component that provided the interaction that was being developed, so the objectives of the same were reoriented to the investigation and documentation of the structure of the GDC database, of the existing component and to the creation of a tutorial of its use. This paper provides a summary of the data structure of the GDC database and is complemented by an interactive tutorial developed over R and Shiny that aims to provide users with the necessary knowledge to be able to use the GenomicDataCommons module in your future research. The tool focuses on the most important functions of the library and it is complemented by some practical examples and a Dashboard that allows you to have a first impression of the data stored in the database.Universitat Oberta de Catalunya (UOC)Perez-Navarro, AntoniSastre Tomas, Jaume202320232023info:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10609/148287reponame:O2, repositorio institucional de la UOCinstname:Universitat Oberta de Catalunya (UOC)EspañolCC BY-NC-NDhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:openaccess.uoc.edu:10609/1482872026-05-28T12:42:01Z
dc.title.none.fl_str_mv Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
title Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
spellingShingle Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
Casaña Carabot, Adolfo
RStudio
bioinformatics
TCGA
database
development
package
Bioinformatics -- TFM
Bioinformàtica -- TFM
title_short Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
title_full Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
title_fullStr Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
title_full_unstemmed Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
title_sort Desarrollo de una interfaz para conectar con la base de datos de TCGA y favorecer la descarga de datos
dc.creator.none.fl_str_mv Casaña Carabot, Adolfo
author Casaña Carabot, Adolfo
author_facet Casaña Carabot, Adolfo
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Perez-Navarro, Antoni
Sastre Tomas, Jaume
dc.subject.none.fl_str_mv RStudio
bioinformatics
TCGA
database
development
package
Bioinformatics -- TFM
Bioinformàtica -- TFM
topic RStudio
bioinformatics
TCGA
database
development
package
Bioinformatics -- TFM
Bioinformàtica -- TFM
description El acceso a datos y modelos es esencial para la investigación científica en la actualidad, especialmente en el campo de la bioinformática. Sin embargo, los datos biológicos pueden ser complejos, difíciles de manejar y pueden estar disponibles en formatos muy diversos, lo que puede impedir el acceso a ellos y limitar la capacidad de los investigadores para interpretarlos y obtener nuevos conocimientos. El objetivo inicial de este trabajo era el desarrollo de un módulo para el lenguaje de programación R que permitiese la interacción con la base de datos del GDC a través de las APIS publicadas por esta. A raíz de las investigaciones iniciales, se descubrió que ya existía un componente que proporcionaba la interacción que se estaba desarrollando, por lo que se reorientaron los objetivos del mismo a la investigación y documentación de la estructura de dicha base de datos, del componente existente y a la creación de un tutorial de uso del mismo. En el presente trabajo proporciona un resumen de la estructura de datos de la base de datos del GDC y se complementa con un tutorial interactivo desarrollado sobre R y Shiny que tiene como objetivo dotar a los usuarios de los conocimientos necesarios para poder utilizar el módulo GenomicDataCommons en sus futuras investigaciones. La herramienta se centra en las funciones más importantes de la librería y está complementada con ejemplos prácticos y un Dashboard que permite tener una primera impresión de los datos almacenados en la base de datos.
publishDate 2023
dc.date.none.fl_str_mv 2023
2023
2023
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10609/148287
url http://hdl.handle.net/10609/148287
dc.language.none.fl_str_mv Español
language_invalid_str_mv Español
dc.rights.none.fl_str_mv CC BY-NC-ND
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv CC BY-NC-ND
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
publisher.none.fl_str_mv Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
dc.source.none.fl_str_mv reponame:O2, repositorio institucional de la UOC
instname:Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
instname_str Universitat Oberta de Catalunya (UOC)
reponame_str O2, repositorio institucional de la UOC
collection O2, repositorio institucional de la UOC
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869418423545495552
score 15,301629

Similares en LA Referencia