Eukaryotic diversity through the lens of metabarcoding and metagenomics
Los organismos eucariotas abarcan una diversidad inmensa de formas, tamaños y estilos de vida. Sin embargo, abordar la verdadera amplitud de esa diversidad es una tarea laboriosa. Durante las últimas decadas, los estudios de biodiversidad han experimentado un progreso importante gracias a la incorpo...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2021 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/671809 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/671809 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Metabarcoding Metagenomica Protistas Multicelularidad Biodiversidad Metagenomics Protists Multicellularity Biodiversity 575 |
| Sumario: | Los organismos eucariotas abarcan una diversidad inmensa de formas, tamaños y estilos de vida. Sin embargo, abordar la verdadera amplitud de esa diversidad es una tarea laboriosa. Durante las últimas decadas, los estudios de biodiversidad han experimentado un progreso importante gracias a la incorporación de técnicas basadas en la secuenciación del ADN. Esta tesis es una composición de tres proyectos independientes donde estas técnicas se aplican con el objetivo de ampliar nuestro conocimiento de la biodiversidad eucariota. En el primer proyecto, obtenemos el genoma nuclear y el genoma mitocondrial de un parásito a partir de un metagenoma eucariota. Definimos la posición filogenética de este nuevo organismo que se posiciona junto con Filasterea, un grupo de organismos unicelulares que está estrechamente relacionado con los animales y es clave para estudiar la transición a la multicelularidad animal. El análisis del contenido génico muestra que el nuevo organismo posee un genoma reducido en comparación con los otros Filasterea. A pesar de eso, su genoma codifica un flagelo completo y muchas proteínas que están relacionadas con la multicelularidad en los animales. En el segundo proyecto, buscamos diversidad molecular no descrita dentro de los platelmintos, uno de los filos animales más diversos e importantes desde un punto de vista biomédico. Con este fin, analizamos datos globales de metabarcoding del gen 18S del ADN ribosomal procedentes de hábitats marinos y de agua dulce. Nuestros resultados muestran que gran parte de la diversidad molecular de los platelmintos sigue sin estar documentada e identifican los habitats de agua dulce como puntos donde buscar nuevas especies de platelmintos. Por último, en el tercer proyecto, investigamos la novedad a nivel molecular, la composición taxonómica y la estructura de la comunidad eucariota del lago Sanabria, un lago oligotrófico. Secuenciamos la región hipervariable V4 del gen 18S del ADN ribosmal y demostramos cómo la elección de los métodos analíticos (ASVs o OTUs) afectan los resultados y las conclusiones sacadas por un estudio de biodiversida.. En conjunto, nuestros resultados amplían nuestra perspectiva de la diversidad eucariota y mejoran nuestra comprensión de la distribución, la ecología, la novedad molecular y los rasgos genómicos de los eucariotas. |
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