Estudio comparativo de pipelines de análisis de small non-coding RNAs
El estudio de los small non-coding RNA (sncRNAs) ha adquirido una gran importancia en los últimos años, especialmente en el caso de los microRNAs (miRNAs). La introducción de protocolos de high-throughput small RNA sequencing (sRNAseq) ha hecho necesario el desarrollo de herramientas de análisis de...
| Autor: | |
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| Formato: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2022 |
| País: | España |
| Recursos: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/146510 |
| Acesso em linha: | http://hdl.handle.net/10609/146510 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palavra-chave: | non-coding RNA microRNA pipeline microARN ARN no codificante ARN no codificant Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Resumo: | El estudio de los small non-coding RNA (sncRNAs) ha adquirido una gran importancia en los últimos años, especialmente en el caso de los microRNAs (miRNAs). La introducción de protocolos de high-throughput small RNA sequencing (sRNAseq) ha hecho necesario el desarrollo de herramientas de análisis de los datos de secuenciación generados y de interpretación de los resultados. En los últimos años han sido publicados diferentes pipelines para llevar a cabo estas tareas. Se ha realizado una búsqueda bibliográfica y revisión de pipelines publicados en los últimos 5 años que ha permitido conocer las características principales de los pipelines de análisis de sncRNAs, sus posibilidades de análisis y cómo realizar un análisis básico. Se han utilizado los pipelines COMPSRA, miRge3.0 y nf-core/smrnaseq sobre un dataset de muestras de tejido de pulmón en macho y hembra. De los tres pipelines se han obtenido las métricas de alineamiento de lecturas y el fichero de contajes de miRNAs. En el caso de miRge3.0 y nf-core smrnaseq también se han obtenido otros resultados como por ejemplo análisis de isomirs y novel miRNAs. A partir de los ficheros de contajes de cada uno de los pipelines se ha realizado un análisis de expresión diferencial y los resultados obtenidos han sido comparados. |
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