[en] VELVETH-DB: A ROBUST DATABASE APPROACH FOR THE ASSEMBLY PROCESS OF BIOLOGICAL SEQUENCES
[pt] Avanços tecnológicos recentes, tanto nos métodos de sequenciamento quanto nos algoritmos de montagem de fragmentos, têm facilitado a reconstrução de todo o DNA de espécies sem a necessidade de um genoma de referência. A montagem da cadeia completa envolve a leitura um grande volume de fragmento...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2016 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC-RIO) |
| Repositorio: | Repositório Institucional da PUC-RIO (Projeto Maxwell) |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:MAXWELL.puc-rio.br:27871 |
| Acceso en línea: | https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=27871&idi=1 https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=27871&idi=2 http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.27871 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | [pt] BANCO DE DADOS [pt] FRAGMENTO [pt] GENOMA [pt] MONTAGEM [pt] BIOINFORMATICA [en] DATABASE [en] FRAGMENT [en] ERECTION [en] BIOINFORMATICS |
| Sumario: | [pt] Avanços tecnológicos recentes, tanto nos métodos de sequenciamento quanto nos algoritmos de montagem de fragmentos, têm facilitado a reconstrução de todo o DNA de espécies sem a necessidade de um genoma de referência. A montagem da cadeia completa envolve a leitura um grande volume de fragmentos do genoma (short reads), um desafio significativo em termos computacionais. Todos os principais algoritmos de montagem de fragmentos existentes têm como gargalo principal o alto consumo de memória principal. Consonante a isso, essa dissertação de mestrado visa estudar a implementação de um destes algoritmos, Velvet, que é amplamente usado e recomendado. A mesma possuiu um módulo, VelvetH que realiza um pré-processamento dos dados com o intuito de reduzir o consumo de memória principal. Após um estudo minucioso do código e alternativas de melhorias, foram feitas alterações pontuais e proposta uma solução com persistência de dados em memória secundária visando obter eficácia e robustez. |
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