Análise de regiões intergênicas de escherichia coli utilizando ferramentas computacionais
Os genes são segmentos da molécula de ácido desoxirribonucleico (DNA) que contém as informações relacionadas às funções metabólicas necessárias para a sobrevivência de um organismo. O entendimento dos mecanismos que regulam a expressão gênica e a identificação destes elementos, contribui para a comp...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2019 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Universidade de Caxias do Sul (UCS) |
| Repositorio: | Repositório Institucional da UCS |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:repositorio.ucs.br:11338/5207 |
| Acceso en línea: | https://repositorio.ucs.br/11338/5207 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Escherichia coli Bioinformática DNA RNA polimerase Bioinformatics RNA polymerases |
| Sumario: | Os genes são segmentos da molécula de ácido desoxirribonucleico (DNA) que contém as informações relacionadas às funções metabólicas necessárias para a sobrevivência de um organismo. O entendimento dos mecanismos que regulam a expressão gênica e a identificação destes elementos, contribui para a compreensão da funcionalidade dos genes em diferentes espécies. O processo de transcrição de genes em bactérias se inicia através das interações entre a enzima RNA polimerase e regiões específicas no DNA chamadas promotoras, que interagindo com diferentes fatores σ, agem como reguladores chave da expressão gênica. A bioinformática através de ferramentas computacionais tem contribuído gerando inferências que auxiliam na compreensão de diversos fenômenos biológicos, entre eles a predição de elementos regulatórios, da mesma forma, o crescimento de pesquisas computacionais tem gerado grandes quantidades de dados, exigindo que as ferramentas computacionais estejam adaptadas para processamento e obtenção de resultados. O presente trabalho, utilizando regiões intergênicas extraídas do IntergenicDB, (i) verificou o desempenho de ferramentas computacionais de predição de promotores disponíveis na internet; (ii) com o uso das ferramentas computacionais, apresenta uma análise comparativa de regiões intergênicas de linhagens de E. coli (comensal e patogênicas), procurando relacionar a estrutura dos promotores com a capacidade patogênica e (iii) o desenvolvimento da integração de ferramentas de análise de sequências ao IntergenicDB através da criação de um web service. |
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