Brazilian coffee genome project: an EST-based genomic resource

O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercia...

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Bibliographic Details
Authors: Vieira, Luiz Gonzaga Esteves, Andrade, Alan Carvalho, Colombo, Carlos Augusto, Moraes, Ana Heloneida de Araújo, Metha, Ângela, Oliveira, Angélica Carvalho de, Labate, Carlos Alberto, Marino, Celso Luis [UNESP], Monteiro-Vitorello, Claúdia de Barros, Monte, Damares de Castro, Giglioti, Éder, Kimura, Edna Teruko, Romano, Eduardo, Kuramae, Eiko Eurya [UNESP], Lemos, Eliana Gertrudes Macedo [UNESP], Almeida, Elionor Rita Pereira de, Jorge, Érika C., Albuquerque, Érika V. S., Silva, Felipe Rodrigues da, Vinecky, Felipe, Sawazaki, Haiko Enok, Dorry, Hamza Fahmi A., Carrer, Helaine, Abreu, Ilka Nacif, Batista, João A. N., Teixeira, João Batista, Kitajima, João Paulo, Xavier, Karem Guimarães, Lima, Liziane Maria de, Camargo, Luis Eduardo Aranha de, Pereira, Luiz Filipe Protasio, Coutinho, Luiz Lehmann, Lemos, Manoel Victor Franco [UNESP], Romano, Marcelo Ribeiro, Machado, Marcos Antonio, Costa, Marcos Mota do Carmo, Sá, Maria Fátima Grossi de, Goldman, Maria Helena S., Ferro, Maria Inês T. [UNESP], Tinoco, Maria Laine Penha, Oliveira, Mariana C., Van Sluys, Marie-Anne, Shimizu, Milton Massao, Maluf, Mirian Perez, Eira, Mirian Therezinha Souza da, Guerreiro Filho, Oliveiro, Arruda, Paulo, Mazzafera, Paulo, Mariani, Pilar Drummond Sampaio Correa, Oliveira, Regina L.B.C. de, Harakava, Ricardo, Balbao, Silvia Filippi, Tsai, Siu Mui, Mauro, Sonia Marli Zingaretti di [UNESP], Santos, Suzana Neiva, Siqueira, Walter José, Costa, Gustavo Gilson Lacerda, Formighieri, Eduardo Fernandes, Carazzolle, Marcelo Falsarella, Pereira, Gonçalo Amarante Guimarães
Format: article
Status:Published version
Publication Date:2006
Country:Brasil
Institution:Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Repository:Repositório Institucional da UNESP
Language:English
OAI Identifier:oai:repositorio.unesp.br:11449/1230
Online Access:http://dx.doi.org/10.1590/S1677-04202006000100008
http://hdl.handle.net/11449/1230
Access Level:Open access
Keyword:Coffea
cDNA
EST
Transcriptome
Transcritoma
Description
Summary:O café é um dos principais produtos agrícolas, sendo considerado o segundo item em importância do comércio internacional de commodities. O gênero Coffea pertence à família Rubiaceae que também inclui outras plantas importantes. Este gênero contém aproximadamente 100 espécies, mas a produção comercial é baseada somente em duas espécies, Coffea arabica e Coffea canephora, que representam aproximadamente 70 % e 30 % do mercado total de café, respectivamente. O Projeto Genoma Café Brasileiro foi desenvolvido com o objetivo de disponibilizar os modernos recursos da genômica à comunidade científica e aos diferentes segmentos da cadeia produtiva do café. Para isso, foram seqüenciados 214.964 clones escolhidos aleatoriamente de 37 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa representando estádios específicos do desenvolvimento de células e de tecidos do cafeeiro, resultando em 130.792, 12.381 e 10.566 seqüências de cada espécie, respectivamente, após processo de trimagem. Os ESTs foram agrupados em 17.982 contigs e em 32.155 singletons. A comparação destas seqüências pelo programa BLAST revelou que 22 % não tiveram nenhuma similaridade significativa às seqüências no banco de dados do National Center for Biotechnology Information (de função conhecida ou desconhecida). A base de dados de ESTs do cafeeiro resultou na identificação de cerca de 33.000 unigenes diferentes. Os resultados de anotação das seqüências foram armazenados em base de dados online em <A HREF=http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe>http://www.lge.ibi.unicamp.br/cafe</A>. Os recursos desenvolvidos por este projeto disponibilizam ferramentas genéticas e genômicas que podem ser decisivas para a sustentabilidade, a competitividade e a futura viabilidade da agroindústria cafeeira nos mercados interno e externo.

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