[en] AN APPROACH TO MODEL, STORE AND ACCESS BIOLOGICAL SEQUENCES
[pt] As pesquisas na área da biologia molecular vêm produzindo um grande volume de dados e estes precisam ser bem organizados, estruturados e persistidos. Na sua grande maioria os dados biológicos são armazenados em arquivos no formato texto. Para grandes volumes de dados, o caminho natural seria ut...
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| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2013 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro (PUC-RIO) |
| Repositorio: | Repositório Institucional da PUC-RIO (Projeto Maxwell) |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:MAXWELL.puc-rio.br:21436 |
| Acceso en línea: | https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=21436&idi=1 https://www.maxwell.vrac.puc-rio.br/colecao.php?strSecao=resultado&nrSeq=21436&idi=2 http://doi.org/10.17771/PUCRio.acad.21436 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | [pt] ESTRUTURA [pt] BASE DE DADOS [pt] MODELAGEM CONCEITUAL [en] STRUCTURE [en] BIG DATA [en] CONCEPTUAL MODELING |
| Sumario: | [pt] As pesquisas na área da biologia molecular vêm produzindo um grande volume de dados e estes precisam ser bem organizados, estruturados e persistidos. Na sua grande maioria os dados biológicos são armazenados em arquivos no formato texto. Para grandes volumes de dados, o caminho natural seria utilizar SGBDs para gerenciá-los. Contudo, estes sistemas não possuem estruturas adequadas para representar e manipular dados específicos ao domínio. Por exemplo, sequências biológicas normalmente são tratadas como simples cadeias de caracteres (tipo texto/varchar) ou BLOB, e desta forma perde-se todo um conjunto de informações composicionais, posicionais e de conteúdo. Esta tese argumenta que a gerência de dados (estrutura, armazenamento e acesso de dados) se transformou em um dos principais problemas para o domínio de pesquisas da bioinformática. Desta maneira propõe-se um modelo conceitual biológico para representar informações do dogma central da biologia molecular, bem como um tipo abstrato de dado (ADT – do inglês Abstract Data Types) específico para a manipulação de sequências biológicas e seus derivados. |
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