Detecção de novas espécies virais em inhame (Dioscorea spp.) no Brasil por sequenciamento de nova geração
O inhame (Dioscorea spp.) apresenta importante papel socioeconômico nas regiões tropicais e subtropicais da Ásia, África e Américas incluindo o Caribe. No Brasil, se constitui uma expressiva fonte de renda e alimento para as populações locais e agricultura familiar, principalmente na região Nordeste...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2016 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE) |
| Repositorio: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPE |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:tede2:tede2/6040 |
| Acceso en línea: | http://www.tede2.ufrpe.br:8080/tede2/handle/tede2/6040 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Inhame Vírus NGS Yam FITOSSANIDADE::FITOPATOLOGIA |
| Sumario: | O inhame (Dioscorea spp.) apresenta importante papel socioeconômico nas regiões tropicais e subtropicais da Ásia, África e Américas incluindo o Caribe. No Brasil, se constitui uma expressiva fonte de renda e alimento para as populações locais e agricultura familiar, principalmente na região Nordeste do país. A produtividade da cultura é bastante afetada, tanto por fatores abióticos, como por agentes bióticos, entre os quais fungos, nematoides e vírus. Doenças causadas por vírus são importantes, pois a propagação vegetativa do inhame proporciona o acúmulo e disseminação desses patógenos em cultivos sucessivos. Até o momento, os vírus relatados nesta cultura pertencem a nove gêneros: Aureusvirus, Badnavirus, Carlavirus, Comovirus, Cucumovirus, Fabavirus, Macluravirus, Potexvirus e Potyvirus. No presente trabalho objetivou-se analisar, através do Sequenciamento de Nova Geração (Next Generation Sequencing - NGS), as diferentes espécies virais que infetam o inhame em plantios localizados nos estados de Pernambuco e Paraíba e no Distrito Federal. Amostras de tecido foliar de D. rotundata e D. alata foram submetidas a purificação viral parcial, o RNA total foi extraído e submetido ao NGS. As leituras nucleotídicas obtidas foram montadas utilizando o pragrama CLC Genomics Workbench 6.5 e os contigs utilizando o programa Geneious. Por meio dos dados obtidos por NGS foi possível a detecção de três espécies virais novas relatadas neste trabalho. Foi sequenciado o genoma completo de duas espécies, uma pertencente à família Secoviridae, que recebeu o nome Dioscorea virus S (DVS), e outra ao gênero Foveavirus da família Betaflexiviridae, denominada de Dioscorea virus F (DVF). Para a terceira espécie descrita, pertencente à família Closteroviridae, foi feita apenas a detecção viral nas amostras coletadas e a proposição do nome Dioscorea virus C (DVC). |
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